Porém este patrimônio encontra-se ameaçado. A exploração feita de forma extrativista pela população local, desde a ocupação do semiárido, tem levado a uma rápida degradação ambiental. Segundo estimativas, cerca de 70% da caatinga já se encontra alterada pelo homem e somente 0,28% de sua área encontra-se protegida em unidades de conservação.
Em 2010, no primeiro monitoramento já realizado sobre o bioma, constatou-se que a caatinga perde por ano e de forma pulverizada uma área de sua vegetação nativa equivalente a duas vezes a cidade de São Paulo. A área desmatada equivale aos territórios dos estados do Maranhão e do Rio de Janeiro somados. O desmatamento da caatinga é equivalente ao da Amazônia, bioma cinco vezes maior.
De acordo com o Ministério do Meio Ambiente, resta 53,62% da cobertura vegetal original. A principal causa apontada é o uso da mata para abastecer siderúrgicas de Minas Gerais e Espírito Santo e indústrias de gesso e cerâmica do semiárido. Os dois estados com maior incidência de desmatamento deste tipo de bioma são Bahia e Ceará [5][6].
Estes números conferem à caatinga a condição de ecossistema menos preservado e um dos mais degradados conforme o biólogo Guilherme Fister explicou em um recente estudo realizado naUniversidade de Oxford.
Como consequência desta degradação, algumas espécies já figuram na lista das espécies ameaçadas de extinção do IBAMA. Outras, como a aroeira e o umbuzeiro, já se encontram protegidas pela legislação florestal de serem usadas como fonte de energia, a fim de evitar a sua extinção. Quanto à fauna, os felinos (onças e gatos selvagens), os herbívoros de porte médio (veado-catingueiro ecapivara), as aves (ararinha azul, avoante) e abelhas nativas figuram entre os mais atingidos pela caça predatória e destruição do seu habitat natural.
Para reverter este processo, estudos da flora e fauna da caatinga são necessários. Neste sentido, a Embrapa Semiárido, UNEB e Diretoria de Desenvolvimento Florestal da Secretaria de Agricultura da Bahia aprovaram o projeto "Plantas Da Caatinga Ameaçadas De Extinção: Estudos Preliminares E Manejo" junto ao Fundo Nacional do Meio Ambiente (FNMA), tendo por objetivo estudar afenologia, reprodução e dispersão da aroeira do sertão, quixabeira, imburana de cheiro e baraúna na Reserva Legal do Projeto Salitre, em Juazeiro, na Bahia. Este projeto contribuirá com importantes informações sobre a biologia destas plantas e servirá de subsídios para a elaboração do plano de manejo destas espécies na região.
Cerca de 930 espécies vegetais são encontradas somente na caatinga baiana, sendo 320 exclusivas [6].
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